บางตัวของอุลตร้าแมนสามารถเปลี่ยนรูปแบบในการต่อสู้ได้ เช่น ดีกาสามารถสลับระหว่างรูปแบบคอมโพสิต, แอร์โร่ และพาวเวอร์ คลิกที่ปุ่มเปลี่ยนรูปแบบเพื่อทำเช่นนั้น แต่ละรูปแบบมีทักษะและค่าสถานะที่แตกต่างกัน ต่อไปนี้คือวิธีการควบคุมในเกม "อุลตร้าแมน สุดยอดฮีโร่ข้ามเวลา" ซึ่งเป็นเกมแอ็กชันแนวแนวนอน โดยการควบคุมผสมผสานระหว่างปุ่มเสมือนกับการสัมผัสหน้าจอ ผู้เล่นบนคอมพิวเตอร์ยังสามารถคลิกที่ไอคอนคีย์บอร์ดทางขวาบนของเกม เพื่อกำหนดค่าปุ่มควบคุมเอง ปรับให้เหมาะสมกับความเคยชินในการเล่น

การเคลื่อนที่และการหลบ: ใช้ปุ่มทิศทางเสมือนเพื่อควบคุมการเคลื่อนที่ของอุลตร้าแมน คลิกปุ่มหลบเพื่อหลบการโจมตีของศัตรู สำหรับเวอร์ชันคอมพิวเตอร์ ค่าเริ่มต้นใช้คีย์ WASD เพื่อย้ายที่ และคีย์ Shift เพื่อหลบ

การปล่อยทักษะ: แต่ละอุลตร้าแมนมีทักษะหลายอย่าง คลิกปุ่มทักษะที่เกี่ยวข้องเพื่อปล่อย ยกตัวอย่างเช่น ดีกา ในรูปแบบคอมโพสิต ทักษะที่ 1 "การตัดด้วยมือ" เป็นทักษะการเคลื่อนที่ สามารถเลื่อนไปข้างหน้าและโยนลำแสงตัด ทักษะที่ 2 "การตัดด้วยดีกา" สามารถยิงลำแสงตัด หากคลิกอีกครั้งจะกลายเป็นลำแสงใหญ่ ในรูปแบบแอร์โร่ ทักษะที่ 1 "ลำแสงแช่แข็ง" สามารถหยุดศัตรูไว้ได้ ทักษะที่ 2 "การบินด้วยความเร็วสูง" ทำให้ดีกาบินขึ้นสู่อากาศ หากคลิกอีกครั้งจะทำการโจมตีลงมา

การดำเนินการคอมโบ: ยกตัวอย่างเช่น ดีกาที่ประกาย อาจเริ่มด้วยการโจมตีปกติที่สะสมพลัง แล้วจัดการด้วยหมัดกระแทกที่ทั่วหน้าจอ หลังจากที่ศัตรูล้มลง ตามด้วยทักษะที่ 1 สองช่วง แล้วกดทักษะที่ 2 เพื่อเตะลอยขึ้น เมื่อลอยขึ้นแล้ว คลิกทันทีที่ทักษะ "แสงแฟลชไทมเมอร์ประกาย" เพื่อลดการสั่นสะเทือนหลังจากที่เสร็จสิ้นท่าไม้ตาย สร้างความเสียหายสูง

จากการที่เห็น อุลตร้าแมน สุดยอดฮีโร่ข้ามเวลา มีวิธีการควบคุมที่ถูกปรับให้ง่ายขึ้น บางตัวของอุลตร้าแมนมีการควบคุมพิเศษ เช่น เซเว่นมีแถบพลังงาน หลังจากโจมตีปกติและใช้ทักษะจนเต็ม จะได้รับทักษะย่อย "บาร์เรียเฉพาะ" ซึ่งสร้างกำแพงแสงขึ้นมาข้างหน้า เพื่อป้องกันวัตถุที่บินและโจมตีระยะไกล สำหรับการโจมตีปกติ: โดยทั่วไปคลิกปุ่มโจมตีเพื่อเริ่มโจมตีปกติ บางตัวของอุลตร้าแมนมีการโจมตีปกติที่ประกอบด้วยหลายช่วง เช่น เซโร่สามารถทำได้มากสุด 5 ช่วง ดีกาในรูปแบบคอมโพสิตมีการโจมตีปกติ 6 ครั้ง ครั้งสุดท้ายเป็นการโจมตีปกติที่เสริมกำลัง มีระยะการโจมตีที่ไกลกว่า